Музей был создан в 1998 году. Это первый в России провинциальный историко-архитектурный и ландшафтный музей.
Созданием музея преследовалась цель выявления, изучения и сохранения памятников истории архитектуры и ландшафта, сосредоточенных на старинных кладбищах города. Для достижения заданной цели музей ведет активную работу, направленную на разные сферы деятельности. Это и полевые исследования и интенсивная работа с архивными документами и региональными библиотеками. Также ведется экскурсионная деятельность по выставкам Некрополя и по городу. Параллельно ведется реставрационная деятельность, направленная на восстановление исторических погребений, обновление памятников из камня, металла, дерева.
Еще одним немаловажным аспектом работы музея является активная выставочная деятельность, затрагивающая разнообразные аспекты культуры и истории: от краеведения до представления современных направлений в искусстве.
