Музей в Новороссийске создан в 1916 г. как «Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа» по инициативе Черноморского вице-губернатора Л.А. Сенько-Поповского. В основе коллекции музея — материалы, которые собирались с 1894 г. и хранились в городской библиотеке. В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё и начал своё возрождение после освобождения города.
